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CORONAVIRUS ET BIODIVERSITÉ

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L'Agence régionale de la biodiversité (Paris région) a publié un intéressant article qui permet de mieux connaître le coronavirus :
La situation est sans précédent : une pandémie due à un organisme pas vraiment vivant (un virus n'est rien sans un hôte) ne mesurant que le millième de l'épaisseur d'un cheveux conduit au confinement un tiers de l'humanité. C'est un cas unique, qui occupe sans partage : échanges, débats et productions médiatiques diverses. Un sujet frais dont les fils se nouent et se dénouent au cours des journées.

Le virus aurait eu pour hôte un animal.
C'est incontestable. Cela relève même de la nature de ce qu'est un virus, qui ne peut exister en dehors d'un hôte, bien vivant, c'est à dire doté d'un métabolisme propre, ce qui n'est pas le cas des virus qui sont des parasites totaux. Ce constat rend caduques les demandes de désinfection des rues à l'eau de javel.
Alors, est-ce que la pandémie est la faute des animaux ? C'est une vision trop simpliste. Par exemple boire la tasse lors d'un bain de mer, c'est ingérer une bonne centaine de millions de virus, dont certes, une très faible proportion d'entre eux infecte les mammifères dont nous faisons partie.
Un article scientifique paru dans Nature en 2017 a tenté de démêler les facteurs et les traits des espèces de mammifères les plus susceptibles d'héberger des virus potentiellement pathogènes pour l'homme, puis les conditions les plus favorables au franchissement de la barrière entre les espèces.
Concernant le premier point, trois facteurs prédisent l'émergence d'une possible épidémie : la proximité phylogénétique avec l'homme, la diversité spécifique des hôtes et leur concurrence avec des populations humaines. Si l'on classe ces trois facteurs en fonction de leur importance dans l'émergence de zoonoses, ils se trouvent alors réordonnés : les animaux domestiques, pour la troisième raison, c'est-à-dire leur proximité physique avec l'homme, occupent le haut du podium. Suivent les rongeurs et les chauves-souris avec leur extrême diversité (quasiment deux mammifères sur trois appartiennent à l'un de ces deux ordres) et enfin nos proches cousins les singes.
Il faut aussi mentionner le fait que l'homme n'échappe pas à son animalité et qu'il héberge lui-même des virus jouant ainsi le rôle de réservoir.

Il est très vraisemblable que l'hôte primaire du coronavirus soit à chercher parmi les chauves-souris, les pangolins ou les serpents. L'incroyable, et encore bien méconnue, diversité des virus, dont on connaît au moins 6 000 espèces décrites à ce jour, mais dont il existe sans doute plus d'un million utilise des hôtes variés, parmi lesquels des bactéries, des champignons, des plantes, des arthropodes et des vertébrés évidemment ! Parmi ces virus, plus de 200 connus à ce jour ont un caractère pathogène lorsqu'ils infectent l'homme.
Mais pour qu'il y ait transmission d'une espèce à une autre, il faut une rupture de la barrière entre ces espèces. Dans certains cas, il peut y avoir pathologie chez le nouvel hôte. S'ensuit une relation entre contamination et létalité du virus d'une part, et défenses immunitaires, grégarité et dispersion des hôtes d'autre part. De cette relation peut émerger une épidémie plus ou moins vulnérante pour les hôtes.

Dans le cas du Covid-19, il semblerait bien que l'origine du virus SARS-CoV-2) se trouve chez les chauve-souris et les pangolins. Les coronavirus infectent les humains en utilisant un récepteur membranique donné, très peu variable chez les mammifères (ce qui a conduit à ce qu'émerge un groupe de virus utilisant cette clé quasi-générique) parce qu'il régule la vasodilatation des vaisseaux et donc la tension. Les progrès spectaculaires en biologie moléculaire :permettent de prédire désormais, en séquençant le génome des coronavirus et en prédisant la structure en trois dimensions de la protéine qui en résulte, s'ils possèdent cette « clé »et s'ils sont de potentiels pathogènes pour l'homme.

La pandémie serait-elle la faute des humains ?
?Cette affirmation et tout à fait simpliste. Deux courants à l'opposé l'un de l'autre coexistent. Le premier consiste à sous-entendre que la consommation de viande d'espèces sauvages est la principale cause de rupture de la barrière entre espèces. Les populations la pratiquent soit pour cause de disette, comme c'est le cas en Afrique équatoriale, soit par croyance dans les bienfaits d'une telle consommation comme on le reproche aux asiatiques et en particulier aux Chinois. Cette théorie dédouane intégralement notre société.
Certains lui opposent la boulimie de notre mode de vie occidental qui favorise la déforestation de zones riches en espèces, au profit de productions agricoles. Cela conduit à l'erratisme et à l'isolement de populations de mammifères forestiers et à leur mise en contact avec des populations humaines mobiles et grégaires, un ensemble de facteurs qui favorisent l'émergence d'une pandémie.

Une conclusion en deux points
Les écosystèmes échappant à de brutales perturbations d'origine anthropique sont par nature un rempart à l'émergence de nouvelles pathologies d'origine virale. Tout simplement parce que ces écosystèmes sont plus susceptibles d'héberger des espèces ayant une diversité génétique élevée, un rempart anti-pathogène dont le mécanisme a été mis en évidence il y a plus de 10 ans. On comprend son impact direct : les populations sauvages d'hôtes potentiels, lorsqu'elles sont isolées par destruction et fragmentation des habitats, voient leur diversité génétique chuter et ainsi leur rôle potentiel d'hôte augmenter.
Une diversité spécifique élevée crée un effet de dilution des communautés. Cela a été montré avec les oiseaux dans le cas de la dissémination du virus West Nile. Plus directement, il faut tenir compte des espèces cul-de-sac dans la circulation du virus, comme peuvent l'être les nécrophages ainsi que cela a été constaté avec la dissémination du coronavirus.
La seconde théorie est qu'il serait très tentant de laisser réémerger une peur de la nature, telle que l'écrivain naturaliste François Terrasson la dénonçait il y a près de 30 ans dans son livre « La Peur de la nature » (1991). Cette peur est particulièrement contre-productive. Elle conduit à opposer homme et nature alors même que tout montre que si les relations sont infiniment complexes entre ces deux parties, elles bénéficient du premier aux dépens de la seconde.
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